К недостаткам лазерной маркировки продукции относят очень большие эксплуатационные затраты. Расходных материалов в принятом понимании нет, однако, затраты на электричество, воду, и, собственно, узел накачки луча, который имеет не очень большой ресурс, но очень большую стоимость — всё это в пересчёте на себестоимость маркировки даёт очень большую цифру. Большой термический износ, небольшой ресурс главной составляющей оборудования – лазера.
Наиболее высокие требования к маркировке товара принадлежат подакцизной группе. К подакцизным товарам в России относятся алкоголь, кроме пива и сидра, табачные изделия и горюче-смазочные материалы. Маркировка подакцизных товаров заключается в нанесении на товар акцизной марки — таким образом, чтобы вскрыть тару или упаковку, не повредив марку, было невозможно. Акцизная маркировка товаров включает в себя информацию о производителе, номер его лицензии, сумму акцизного сбора за конкретный товар, а также его наименование (рисунок 4).
Рисунок 4 – Образец акцизной марки на алкогольную продукцию